С 2017 года по настоящее время ЦНИЛ совместно с фундаментальными кафедрами Приволжского исследовательского медицинского университета входят в состав Института Фундаментальной Медицины. 

История становления ЦНИЛ начинается в сентябре 1962 года, когда в соответствии с Постановлением Совета Министров СССР от 12 августа 61 года «О мерах по дальнейшему развитию и улучшению научно-исследовательской работы в области медицины» были созданы биохимический, гистологический, физиологический отделы, которые и положили начало Центральной научно-исследовательской лаборатории Горьковского медицинского института. Позднее в 1964 году были образованы отдел биофизики и группа автоматизации кардиологических исследований, а в 1968 году создан отдел электронной микроскопии. Среди научных сотрудников одними из первых были профессор Е.М. Хватова, д.м.н. И.М. Солопаева, к.м.н. З. А. Горохова.

Первым заведующим ЦНИЛ стал профессор Д.И. Рыжаков, руководивший лабораторией с 1971 по 1977 гг. Основным научным направлением, развиваемым под руководством профессора Д.И. Рыжакова, являлось изучение ультраструктурных, гистохимических, иммунологических и биохимических изменений организма при гипотермии. Разработка и выполнение научно-исследовательской работы шло совместно с кафедрами госпитальной хирургии, оперативной хирургии и топографической анатомии. В 1972 году был создан отдел медицинской кибернетики, впоследствии переименованный в отдел ангионеврологии, под руководством профессора Владимира Дмитриевича Трошина, а в 1974 году при кафедре нормальной анатомии сформирована группа адаптационной морфологии под руководством д.м.н. Анатолия Николаевича Вазина. В 1973 году лаборатория, объединявшая 4 отдела — морфологический, биохимический, электронной микроскопии, экспериментальной хирургии, получила помещение в биофизическом корпусе медицинского института общей площадью 600 м2, где располагается и сейчас.

В 1977 году на заведование ЦНИЛ пришел к.м.н. Г.А. Бояринов. В рамках основного научного направления развивался новый раздел «Фармакологическая защита сердца и мозга от гипоксии при выключении сердца из кровообращения». Разработаны и внедрены в клиническую практику методы холодовой кардиоплегии и фармакологической защиты миокарда в условиях искусственного кровообращения. Проведены первые эксперименты по изучению действия озона на биологические ткани в норме и при патологии. В апреле 1979 года впервые в мире озонированный физиологический раствор был введен в коронарное русло больной при операции врожденного порока сердца. В ноябре 1986 года впервые проведено озонирование крови в условиях искусственного кровообращения во время операции по протезированию митрального клапана. С 1981 по 1985 г. выполнялась тема «Разработка способов повышения устойчивости организма к гипоксии». Активно развивалось межведомственное сотрудничество — с институтом сердечно-сосудистой хирургии имени Бакулева, научно-исследовательской лабораторией реаниматологии АМН СССР, городской больницей №5, городской станции скорой помощи.

В 1982 году Минздравом СССР принято Положение о ЦНИЛ № 583. Основными задачами ЦНИЛ, согласно принятому Положению, являлись:

  1. Создание необходимых условий (организация рабочего места, обучение методикам, консультации, техническая помощь) для выполнения научно-исследовательской работы профессорско-преподавательскому составу, аспирантам;

  2. Организация и проведение комплексных исследований по актуальным клиническим, гигиеническим и общетеоретическим медико-биологическим проблемам в соответствии с основными утвержденными научными направлениями.

В 1988 году ЦНИЛ возглавил к.м.н. С.П. Перетягин. В рамках темы «Экспериментально-клиническая оценка эффективности противогипоксической защиты при анестезиологическом обеспечении кардиохирургических операций у больных с высоким риском» продолжало активно изучаться биологическое действие озона на различные органы и ткани животных и человека как эфферентного средства в медицине. Впервые в России, а по некоторым направлениям и в мире, разработана технология использования озона в медицине. Проведены первые Всероссийские конференции по применению озона в биологии и медицине в 1992 и в 1995 годах. Экспериментальные и клинические результаты исследований по озону неоднократно были доложены на международных симпозиумах и съездах. Разработка технологии использования озона в медицине продолжала развиваться и в последующие годы. Организована Российская Ассоциация озонотерапевтов, при активном участии профессоров К.Н. Конторщиковой, Перетягина С.П. и Бояринова Г.А. методы озонотерапии широко внедрены в клиническую практику России и стран СНГ. Проведены шесть Всероссийских научно-практических конференций «Озон в биологии и медицине». Получен патент на открытие (проф. Перетягин С.П., проф. Конторщикова К.Н., 2006).

В трудное для страны время с 1993 по 1998 ЦНИЛ руководил талантливый ученый-нейрофизиолог д.б.н. А.В. Зевеке. Под руководством А.В. Зевеке развивалось новое направление «Исследование принципов кодирования сенсорной информации в периферическом отделе кожного анализатора», из которого в качестве отдельной ветви выделилась тема «Физиологические механизмы формирования субъективного сенсорного образа (к.б.н. Полевая С.А.). Активно выполнялся план компьютеризации научных исследований, разрабатывались авторские программные продукты.

Из числа сотрудников ЦНИЛ за период с 1962 по 1998 гг. подготовлено 14 докторов и 40 кандидатов наук. Оказана консультативно-методическая помощь в выполнении сотрудникам академии 132 кандидатских и 59 докторских диссертаций. Получено 49 авторских свидетельств на изобретения и патенты, опубликовано 92 журнальных статей, 180 тезисов конференций и съездов, 40 статей в сборниках, 40 тезисов в материалах международных съездов, 25 статей в зарубежной печати, создано 11 компьютерных программ, 4 монографии, 9 сборников научных работ, 9 методических рекомендаций и 4 сборника материалов конференций.

С 1998 года руководителем ЦНИЛ является профессор, д.б.н. Ирина Васильевна Мухина. Структура ЦНИЛ с 1998 по 2006 гг. расширялась до 10 отделов: административный, нейрофизиологии и экспериментального моделирования, биохимии, морфологии, адаптационной морфологии, проблемная группа физико-химического анализа, микробиологии, биофизики, виварий, техническая группа. Основное научное направление ЦНИЛ в этот период: Механизмы регуляции биологических процессов при экстремальных состояниях организма. Под руководством профессора И.В. Мухиной защищены 3 докторские и 12 кандидатских диссертаций, опубликовано более 120 статей в центральной печати.

В рамках этого направления с 2000 по 2004 год изучалось состояние свободнорадикального статуса организма животных-опухоленосителей и неоплазмы в процессе онкогенеза на фоне физико-химических воздействий (к.б.н. Щербатюк Т.Г.). Совместно с учеными РФЯЦ-ВНИИЭФ (г. Саров) выполнялись фундаментальные исследования механизмов воздействия на биологические системы высокоэнергетических импульсных факторов (к.б.н. Иванова Ирина Павловна). Под руководством к.м.н. Гайнуллина Мурата Рушановича развивалось новое биомедицинское направление в области биоинформатики и протеомики, в частности изучение роли убиквитина в регуляции биологических процессов в норме и патологии. В области изучения роли хорионического гонадотропина в процессах жизнедеятельности организма д.м.н., профессором Солопаевой Инессой Михайловной получены 2 патента на открытие.

Совместно с сотрудниками ИПФ РАН осуществлялись фундаментальные исследования по направлению «Разработка нового направления в биомедицинской диагностике: оптическая когерентная томография (рук. — д.м.н., профессор Гладкова Наталья Дорофеевна), имеющего мировой приоритет. С 1999 г это направление является приоритетным научным направлением НижГМА, получена государственная премия РФ в области науки и техники за цикл работ «Оптическая когерентная томография. Физические основы и приложения» (д.м.н. Гладкова Н.Д., д.м.н. Шахова Н.М.).

Совместно с кафедрой нормальной анатомии сотрудники отдела адаптационной морфологии работали по теме «Индивидуальные и типологические особенности адаптации к мышечным нагрузкам и фактором среды». По результатам научных работ 2006 году  получен диплом на открытие «Закономерности адаптации организма млекопитающих к изменяющейся двигательной активности» (профессор Бирюкова О.В., профессор Кочетков А.Г.)

ЦНИЛ состоит в списке учреждений, имеющих право проводить доклинические исследования лекарственных препаратов. Созданы приборы (биохемилюминометр БХЛ, ультразвуковой манипулятор), специализированные компьютерные программы.

Многие научно-исследовательские работы проводились при поддержке системы грантов (РФФИ, МЦФПИН, НЦИНТ).

ЦНИЛ входил в состав НИИ прикладной и фундаментальной медицины НижГМА (НИИ ПФМ). В структуру ЦНИЛ входят 6 отделов: нейрофизиологии и экспериментального моделирования, биохимии, морфологии, электронной микроскопии, виварий, техническая группа. Расширились исследования в области изучения молекулярных основ функционирования центральной нервной системы совместно с лабораторией клеточных технологий НИИ ПФМ и кафедрой нормальной физиологии (рук. д.б.н, профессор И.В. Мухина) в рамках приоритетной темы академии «Разработка и использование клеточных технологии в изучении функционирования ЦНС в норме и патологии  (клеточные  нейробиотехнологии)». Многие научно-исследовательские работы проводились при поддержке системы грантов (РФФИ, Минобрнауки).